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La línea de costa de los estados de Nayarit, Jalisco y Colima mide casi 800 kilómetros. El mayor desarrollo de corales en esta región, conocida como el Pacífico central de México, se encuentra alrededor de la bahía de Banderas. Fuera de ella, son pocas las zonas adecuadas para la presencia de los corales y arrecifes, ya que esta región de la costa se caracteriza principalmente por tener playas arenosas y numerosas desembocaduras de ríos y manglares, sitios que evitan la fijación de larvas de coral. No obstante, estas especies han ocupado eficientemente el poco espacio disponible en fondos rocosos, donde existan las condiciones oceanográficas adecuadas.

La región presenta características peculiares para los corales y para cualquier organismo. La plataforma continental es muy angosta y frente a ella convergen corrientes oceánicas que vienen del sur y del norte, por lo que encontramos una mezcla biológica única de organismos de regiones templadas y tropicales. Aun cuando los patrones de circulación y la temperatura el mar cambian sensiblemente durante el año, el desarrollo de los corales había sido exitoso y había logrado conformar pequeños arrecifes de varias hectáreas de extensión.

Desde el punto de vista de las poblaciones humanas, esta región, donde se ubica puerto Vallarta, ocupa uno de los primeros lugares nacionales en cuanto a visitantes, y el desarrollo de la infraestructura turística en el resto de la zona costera ha avanzado considerablemente en los últimos años. Por ello se observan numerosos impactos en los arrecifes como resultado de estas actividades; principalmente, durante las visitas a los arrecifes de embarcaciones con buzos, y por el aumento de partículas en suspensión ocasionadas por el desmonte de la vegetación y el mal uso del suelo.

También existen fenómenos naturales que interrumpen los ciclos de desarrollo de los organismos arrecifales. El que causó los impactos más fuertes a los corales de esta región fue el último evento de El Niño que inició en el verano de 1997 y terminó a mediados de 1998. Durante ese verano, la temperatura del agua se elevó hasta 34º C, y excedió los 30º C durante más de cuatro meses. Esto provocó el blanqueamiento coralino y la mortalidad más intensos que se hayan reportado en México. El blanqueamiento representa la pérdida de diminutas algas simbiontes, zooxantelas, que habitan dentro del tejido del coral y le proporcionan tonalidades verdes, café o rosadas. Cuando se blanquean las colonias de coral se vuelven más vulnerables a enfermedades o competidores y eso muchas veces origina su muerte. La cobertura de coral vivo que existía en bahía de Banderas antes de El Niño era de las más altas para las costas del Pacífico de América; ahora, los corales vivos no superan el cinco por ciento del fondo en la mayoría de los arrecifes.

Los efectos de El Niño no sólo se reflejaron en la mortalidad masiva: la capacidad reproductiva de los corales también disminuyó, pero aun así los corales sobrevivientes no sólo han sido capaces de reproducirse, sino que las diminutas larvas que son liberadas al agua han logrado colonizar nuevas localidades, incluso a decenas de kilómetros de distancia. La evidencia de este fenómeno es la presencia de abundantes colonias pequeñas de coral ("recultas") que se observan fijadas en sustratos artificiales y naturales en arrecifes de Bahía de Banderas.

Las perspectivas de recuperación podrían parecer buenas. Sin embargo, es necesario considerar también aspectos externos que influyen en este proceso ecológico; entre ellos, las actividades turísticas que cada año atraen a más de un millón de personas hasta estos vistosos, pero ahora convalecientes, ecosistemas marinos.

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