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Las pesquerías costeras han sido de gran importancia para los humanos. Los disturbios regulares causados por ellas y los efectos colaterales de la sobreexplotación pesquera en la estructura de los ecosistemas son testigos de la necesidad del uso sustentable de los recursos naturales. El concepto del desarrollo ecológico sostenido tiene seis principios: el mejoramiento del bienestar humano material y no material; la equidad entre generaciones; equidad dentro de las generaciones; el mantenimiento de los sistemas ecológicos y su diversidad; los temas globales, incluyendo los tratados internacionales y la cooperación, y el proceder precautoriamente contra los riesgos, la incertidumbre y la irreversibilidad de los impactos.

El manejo sostenido de una pesquería depende de la existencia de un sobrante reproductivo. Por lo tanto, es necesario desarrollar una aproximación holística del ecosistema al manejo integral de la zona costera para poder maximizar ese sobrante. Lograr esto en los arrecifes coralinos es un gran reto, pues a pesar que esos ecosistemas tienen las tasas más altas de producción primaria en el mar, la producción pesquera y producción primaria neta son relativamente bajas. Esto quiere decir que una gran parte de lo que se produce dentro del arrecife es consumido ahí, y no hay sobrantes. Por ello, a pesar de que los arrecifes coralinos son los sistemas con mayor producción del planeta, están también dentro de los más vulnerables a la sobreexplotación humana, ya que muy rápidamente se puede reducir o eliminar el sobrante de reproducción.

En los arrecifes coralinos es altamente significativo el concepto de que la sobreexplotación pesquera disminuye la complejidad de las redes tróficas. La pesca reduce la biomasa de cualquier grupo bajo captura, simplemente por la extracción de los organismos del arrecife. La biomasa de los organismos (algas, langostas, pulpos, peces, etcétera) del sistema están interrelacionadas. Esto quiere decir que un cambio en el número o biomasa de algún elemento de la comunidad, puede afectar a los demás miembros.

Esta relación trófica se multiplica dentro del arrecife, generando redes alimenticias entre las especies. El concepto implica una multitud de conexiones entre los organismos asociados al arrecife. Cambios importantes en algunos de ellos pueden provocar efectos en serie o cascada en los demás organismos del sistema. Por ejemplo, la muerte de los corales puede reducir la biomasa de peces, y la efectividad de pesca y la producción. Inversamente, la sobreexplotación reducirá la biomasa de peces y moluscos, y producirá reducciones en cascada de la biomasa de otras especies, afectando a toda la comunidad del arrecife. La sobrepesca afecta diversas facetas de la estructura de las poblaciones explotadas, como su crecimiento, reproducción y distribución, y también ejerce efectos indirectos sobre los organismos asociados a esas especies.

En las áreas costeras marinas, no sólo son las pesquerías los agentes que afectan la estructura ecológica o los procesos de los cuales dependen los recursos pesqueros, sino que éstos también se ven potencialmente afectados por una multitud de otras actividades, como el turismo, la agricultura o el desarrollo urbano. Así, para sustentar las pesquerías es necesario el manejo paralelo de la zona costera, incluyendo la protección del hábitat y las cuencas. Estos esfuerzos darían las bases reales de un desarrollo sostenido de los ecosistemas de arrecifes coralinos en México.

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