Con más de 200 mil expedientes clasificados, el Archivo Histórico del Agua (AHA) concentra el mayor número de documentos sobre el uso del líquido desde la época colonial hasta la década de 1990. Sus fondos históricos incluyen:

Aprovechamiento superficial

Su acervo da cuenta del proceso para la nacionalización de fuentes de abastecimiento y de los conflictos entre la federación y los gobiernos estatales, el otorgamiento de concesiones durante el Porfiriato, la lucha de comunidades por defender su acceso al líquido ante la demanda creciente de empresas y la creación de distritos de riesgo en beneficio de miles de campesinos.

Consultivo técnico

Guarda documentación técnica de presas y obras de infraestructura hidráulica que se realizaron en México de 1936 a 1990. En sus expedientes pueden localizarse informes geológicos e hidrológicos; análisis de calidad del agua, aprovechamientos subterráneos y mantos acuíferos.

Comisión del río Grijalva

Sus archivos cuentan el desarrollo hidráulico del sureste del país a través de los planes Chontalpa y Balancán-Tenosique, así como la construcción de la presa Nezahualcóyotl.

Comisión del río Papalopan

Incluye documentos de 1947 a 1986. Expedientes sobre la construcción de las presas Miguel Alemán y Cerro del Oro, así como sobre las expropiaciones y la reubicación de poblaciones en Puebla, Veracruz y Oaxaca.

Infraestructura hidráulica

Su acrevo data de 1980 a 1990 y da cuenta del manejo federal de corrientes y cuerpos de agua en todo el país a través de la construcción de obra de irrigación.

Aguas Nacionales

Este fondo contiene información de 1891 a 1976, incluye los conflictos generados por la nacionalización de los recursos hídricos, así como la legislación promulgada para preservar el derecho de la nación sobre el recurso.

Colección fotográfica

Considerada la memoria visual del AHA, conserva 45 mil 101 expedientes con imagenes que van de 1946 a 1987. Se trata de material cuya objetivo era captar la diversidad y característica de la obra hidráulica construida en el país, por lo que se realizaron miles de tomas áreas e imagenes panorámicas de presas, cauces de ríos, inundaciones y zonas de riesgo.