La Junta de Coordinación Política de la Cámara de Diputados acordó proponer la ratificación de Gregorio Guerrero Pozas como contralor general del Instituto Nacional Electoral (INE), quien fue designado en 2008 para ese mismo cargo en el desaparecido Instituto Federal Electoral.

La Cámara tiene hasta el 30 de abril para designar al contralor del instituto –cuando vencía el periodo para el cual fue designado Guerrero originalmente– y la bancada del PRI propuso la ratificación del funcionario, a partir de que existe un vacío legal en el mecanismo de designación.

El nombramiento debe llevarse a cabo a partir de las definiciones constitucionales y de su legislación secundaria, pero ésta todavía no existe. Abrir una convocatoria para la designación también implicaría retrasar este proceso.

Además, se presentó como una de las prendas de Guerrero Pozas el caso del daño patrimonial por 26.2 millones de pesos al IFE, por gastos en un edificio en renta al Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado, que era utilizado como bodega, y del que responsabilizó al ex director administrativo, Fernando Santos Madrigal.

En 2011 la contraloría investigó el fondo inmobiliario del IFE, por 348 millones de pesos correspondientes al presupuesto 2010, que no fue regresado a la Tesorería de la Federación, con el argumento de que fueron ahorros del instituto.

Se pretendía gastar dicho fondo en el año fiscal siguiente, lo cual Guerrero juzgó absolutamente improcedente y generó un diferendo importante con el entonces consejero presidente del IFE, Leonardo Valdés, sobre el fundamento legal para que el instituto se quedara con el dinero. Tras consultas jurídicas, el IFE determinó devolver el dinero, incluidos los intereses devengados durante el litigio entre ambas partes.

Otro de los casos importantes desahogados durante este periodo fue el de la compra del edificio de Acoxpa, que motivó que el contralor propusiera sancionar al ex director ejecutivo de Administración, Fernando Santos, con una multa de 124 millones de pesos, equivalente al daño patrimonial que habría causado por manipulaciones en los avalúos realizados para adquirir el inmueble.

La sanción provocó una abierta confrontación entre Guerrero y los consejeros, que cerraron filas para exonerar al funcionario, descalificando la investigación del contralor.

En los albores de la gestión de Valdés, la pretensión de los consejeros de incrementarse casi 100 por ciento su salario para equipararlo con el de los ministros de la Suprema Corte de Justicia provocó el primer diferendo con Guerrero. En su momento, el contralor se opuso a una decisión de la Junta General Ejecutiva que había avalado la homologación.

Otro factor de diferencias Guerrero-IFE fue el ejercicio del capítulo 1000 del presupuesto, relacionado con la nómina institucional que, a decir del contralor, siempre estuvo sobrestimada presupuestalmente.

En 2001, Guerrero Pozas fue destituido como titular de la Auditoría Superior de la Federación, por un acuerdo PRI-PAN, para imponer en su lugar a Arturo González de Aragón.

Un nuevo acuerdo, esta vez entre Emilio Gamboa Patrón y Héctor Larios Córdoba, ahora senadores por el PRI y el PAN, le permitió ser designado contralor del IFE en 2008.

Aun así, su candidatura fue presentada entonces por el Instituto Politécnico Nacional, debido a los requisitos de la convocatoria.