El artículo 27 de la Ley Federal de Archivos fue criticado por ponentes y asistentes al seminario internacional El acceso a los archivos confidenciales históricos.

Este artículo señala: La información clasificada como confidencial con fundamento en la Ley Federal de Transparencia y Acceso a la Información Pública Gubernamental, respecto de la cual se haya determinado su conservación permanente por tener valor histórico, conservará tal carácter por un plazo de 30 años a partir de la fecha de creación del documento que la contenga, o bien de 70 años tratándose de datos personales que afecten a la esfera más íntima de su titular o cuya utilización indebida pueda dar origen a discriminación o conlleve un riesgo grave para éste. Estos documentos se identificarán como históricos confidenciales.

Uno de los acervos en la materia que resguarda el AGN es el relacionado con la llamada guerra sucia, de los años 70 y 80, abiertos por acuerdo presidencial en 2001, como una vía de esclarecer los hechos, principalmente en relación a personas desaparecidas, combatir la impunidad y resarcir el daño.

Este acuerdo del 27 de noviembre de 2001 derivó también en la creación de una fiscalía para el esclarecimiento de hechos del pasado; de manera simultánea se ordenó también transferir al AGN la documentación relacionada con estos acontecimientos, principalmente de las extintas direcciones Federal de Seguridad, General de Investigaciones Políticas y Sociales, bajo resguardo, al momento del acuerdo, del Centro de Investigación y Seguridad Nacional.

Tras la desaparición de la fiscalía para movimientos sociales y políticas del pasado, en 2006, y posteriormente con la puesta en vigor de la Ley Federal de Archivos (en enero de 2012), el artículo 27 caracterizó a estos documentos como históricos-confidenciales.

En marzo pasado investigadores denunciaron la cancelación del acceso directo a los archivos sobre la guerra sucia (La Jornada 11 de marzo de 2015).

Actualmente, acorde con participantes en el seminario, al menos seis instrumentos regulan el acceso a los archivos en mención: Ley Federal de Transparencia, Ley Federal de Archivos, y la recién aprobada Ley General de Transparencia; además, los lineamientos para la apertura de los archivos, expedientes e información que fueron transferidos al AGN, publicados en 2002, y el procedimiento para la atención de solicitudes, acordado por el AGN y el antiguo Ifai, 2012. Adicionalmente, el acuerdo presidencial que ordena la transferencia de diferentes archivos.