La Junta de Gobierno (JG) de la Universidad nacional Autónoma de México es el órgano colegiado que se encarga de designar a los directores de escuelas, facultades e institutos y al rector; además de nombrar a los miembros del Patronato Universitario.

Conforman la JG 15 universitarios notables elegidos por el Consejo Universitario.

Actualmente, los académicos que forman parte de ésta son: Francisco Bolívar Zapata, investigador del Instituto de Biotecnología y ex presidente de la Academia Mexicana de Ciencias (AMC); María Elena Medina-Mora Icaza, directora de Investigaciones Epidemiológicas y Sicosociales del Instituto Nacional de Siquiatría Ramón de la Fuente Muñiz; Olga Elizabeth Hansberg Torres, investigadora del Instituto de Investigaciones Filosóficas y profesora de la Facultad de Filosofía y Letras (FFL); David Kershenobich Stalnikowitz, profesor de la Facultad de Medicina.

Francisco Casanova Álvarez, profesor de la Facultad de Estudios Superiores Acatlán; Alonso Gómez-Robledo Verduzco, investigador del Instituto de Investigaciones Jurídicas y actual comisionado del Ifai; Elizabeth Guadalupe Luna Traill, investigadora del Instituto de Investigaciones Filológicas y profesora de la FFL; Octavio Paredes López, investigador del Cinvestav-IPN Irapuato y ex presidente de la AMC.

Luis Alberto Zarco Quintero, ex director de la Facultad de Medicina, Veterinaria y Zootecnia; Jorge Borja Navarrete fue miembro de ICA y director corporativo de Ingeniería y Desarrollo de Proyectos de Pemex; María Teresa Uriarte Castañeda, investigadora del Instituto de Investigaciones Estéticas; Alejandro Mohar Betancourt; investigador del Instituto de Investigaciones Biomédicas; René Millán Valenzuela; investigador del Instituto de Investigaciones Sociales; Irene Cruz González Espinosa, investigadora del Instituto de Astronomía, y Mario Luis Fuentes, coordinador de Especialización en Desarrollo Social del programa de Especializaciones de la División de Estudios de Posgrado de la Facultad de Economía.